賽默飛Orbitrap Eclipse三合一高分辨質譜儀從根本上提高了定量蛋白質組分析的靈敏度、速度和準確性，以及全面定義蛋白質形式和蛋白質復合物的能力。HMRn(高質量范圍MSn)、PTCR(質子轉移電荷減少)和RTS(實時搜索)的加入是專門設計的功能，提高了質譜識別重要生物分子的能力，并在結構上以*的詳細程度對它們進行研究。在保持Orbitrap Fusion Lumos三合一質譜性能的基礎上，
賽默飛Orbitrap Eclipse三合一高分辨質譜儀提升了如下主要性能：
(1)HMRn(High Mass Range MSn，高質量范圍MSn)：MSn多級質譜的分子量范圍可達到8,000 Da，包括擴展Orbitrap的m/z 至8,000和LTQ分離母離子m/z至8,000，并具有MSn(n=1~10)能力。比如使用HMRn做NativeOmics，可以用多級質譜鑒定膜蛋白的配體，更好理解蛋白的相互作用。
(2)PTCR(Proton Transfer Charge Reduction ，質子轉移電荷減少)離子源：全氟菲烷(PFPP) 離子，用于隨后雙級線性離子阱中的氣相離子反應，利用質子轉移減少母離子或子離子的多電荷態，使多電荷譜圖的質量提高、Top-down組學的解析更容易，可以更好地揭示蛋白隱藏的特征。
(3)RTS(Real-time search實時搜索)算法軟件：提供了強大的數據庫功能，當已鑒定的蛋白和初始數據庫匹配*就標記為不再進行MS3，因此可有效縮短時間，提升1倍通量。在選擇已確定的母離子進行 SPS MS3 定量時，可提高定量準確性和TMT實驗的蛋白質組覆蓋率。
(4)雙曲面QR5 分段四極桿：增長為25 cm，并擴大直徑，提升離子傳輸效率，并可有限選擇分離0.4 Da的母離子。
(5)具有50萬分辨率，擴展選項后可達到100萬分辨率。
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