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26篇CNS主刊|解鎖細胞分析的洞見密碼

閱讀:474      發布時間:2024-1-10
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Incucyte® 實時活細胞分析系統因其操作簡便、可輕松進行實驗設置和分析、以及能夠直接放置于培養箱中進行自動拍攝而深受用戶的喜愛,極大地解放了科研人員的勞動力。Incucyte® 能夠精準計算各種細胞指標,在體外細胞水平的實驗中有著廣泛應用。

 

2023年全年,使用Incucyte® 發表CNS(Cell,Nature,Science三個頂尖雜志主刊)的數量就達到了26篇(文章列表見文末)!甚至在一個星期內出現了三篇Nature的壯舉(一周3篇Nature:Incucyte上演科研帽子戲法!)。截止至今,應用Incucyte® 的文章總數已經超過了15,000篇!

 

今天陳老師就帶大家一起來盤點一下這26篇CNS文章:

 

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圖1. 按照實驗類型的應用統計

 

Incucyte® 的應用非常廣泛,通過分析這些CNS文章可以發現,除了傳統的細胞增殖、凋亡和劃痕遷移實驗外,它還被應用于細胞融合、病毒轉染、病毒中和實驗等應用。甚至有僅僅使用Incucyte®配套試劑的CNS文章出現[1],由此可見,Incucyte®不僅儀器好用,其配套的試劑盒也很受歡迎。

 

 

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圖2.按研究方向分類

 

Incucyte® 在學術研究中的應用也很廣泛,除了各種細胞治療和藥物研發項目,還涉及到基礎醫學研究等多個層面。值得一提的是,這些CNS文章中,也有國內學者(清華-北大生命科學聯合中心)的貢獻[2]。

接下來,就我們一起來看看其中幾篇比較有特色的文章。

 

免疫抑制阻斷治療(ICB)的新機制![3]

 

很多以PD1/PDL1為免疫檢查點的抑制劑已被獲批用于治療具有錯配修復缺陷(MMR-d)的癌癥,這是一種精準的治療方法。在MMR-d癌癥中,常見到HLA基因的突變,這在理論上會阻止HLA依賴的CD8+T細胞識別并起到殺傷腫瘤細胞的作用,但是ICB依然有效果。本研究發現,除了CD8+T細胞,還存在第二道防線γδ T細胞(主要為Vδ1和Vδ3亞群)!γδ T 高表達PD-1和殺傷細胞免疫球蛋白樣受體(KIR),具有非HLA依賴途徑的細胞殺傷毒性。

將不同MMR-d的CRC(直腸癌)病人的PD1+(Vδ1或Vδ3細胞)和PD1-γδ T細胞的殺傷能力進行比較,發現PD1+γδ T細胞殺傷能力明顯強于PD1-。


Incucyte® 可以把長時間監測的圖像生成視頻,生成更直觀的數據!

 

異種生物器官移植不是夢![4]

 

生物科技公司eGenesis發布了一項突破性的研究成果,蟹猴(cynomolgus macaque)在移植人源化豬腎后存活超過2年!人源化豬腎總共經過69處基因組編輯,包含敲除了被認為會引起免疫排斥的三個聚糖抗原(3KO),過表達7種人類轉基因(7TG)以減少靈長類免疫系統的排斥反應,同時讓豬逆轉錄病毒基因的所有拷貝失活(RI)。實驗結果發現,攜帶人類轉基因的供體腎臟移植到食蟹猴中后可顯著延長存活時間。與接受僅敲除三聚糖抗原豬腎的對照組(3KO±RI)相比,那些接受含有敲除和人類轉基因豬腎移植的食蟹猴(3KO.7TG±RI)存活時間延長了七倍多——兩組的中位存活時間分別為24天和176天。在同時接受臨床相關免疫移植方案、屬于3KO.7TG±RI組中的一只食蟹猴,存活時間甚至超過2年(758天)。

在體外功能分析補體依賴性細胞毒性試驗實驗中,作者使用Incucyte® 活細胞分析系統和軟件計算Cytotox red陽性細胞的數量。補體依賴細胞毒性是通過將Cytotox red陽性細胞的數量歸一化到細胞總數來計算的。

 

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圖3. 當與人或食蟹猴血清孵育45分鐘時,WT內皮細胞被溶解,而3KO(橙色組)修飾幾乎完全消除了人血清的補體依賴性細胞毒性,但沒有消除食蟹猴血清,這說明食蟹猴血清具有較強的抗豬細胞毒活性;當孵育時間延長至15h時,3KO修飾不足以完全保護細胞,即細胞被人血清殺死;3KO.7TG±RI(藍色組)對人和食蟹猴血清細胞毒性均有保護作用,超過3KO的保護作用

 

即使是終點法,Incucyte® 強大的分析軟件也可以派上用場,圖片作為原始數據清晰度也足夠。

 

胰腺癌新靶點 [5]

 

胰腺導管腺癌(PDA)因為有著局部浸潤和轉移擴散特征,是致死率最高的癌癥之一,目前缺乏轉移瘤特異相關的基因。本文分析了大量原發性和轉移性PDA腫瘤的RNA剪接數據,檢測到與RBFOX2基序高度相似的基序富集。在患者來源的異種移植物 (PDX)轉移性PDA細胞系X50中,RBFOX2的過表達大大降低了這些細胞在體外和體內的轉移潛力,而原發性胰腺腫瘤細胞系(BxPC3)中RBFOX2的耗竭增加了這些細胞的轉移潛力,并揭示了RBFOX2作為PDA中轉移抑制因子的作用,并提出了以RBFOX2為新靶點對轉移性PDA的治療方法。劃痕傷口愈合實驗是體外基因功能鑒定的重要手段,本文大量的此類實驗是由Incucyte® 完成的。

 

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圖4. Incucyte® 劃痕愈合實驗測定:將每孔十萬個細胞接種到Incucyte® ImageLock板上24小時后, 用Incucyte® 傷口制造工具(Incucyte® WoundMaker)制造劃痕。以1小時的間隔成像24 h來監測細胞遷移;b圖,過表達RBFOX2的X50細胞系的減少了遷移能力;e圖,用CRISPR編輯RBFOX2后的BxPC3細胞系的遷移能力增強;h圖,用CRISPR編輯RBFOX2一個外顯子EIJ后的BxPC3細胞系的遷移能力增強,而過表達RBFOX2的BxPC3細胞系遷移能力減弱

 

Incucyte® 配備專門的劃痕工具,并且從平均劃痕寬度等方面來對劃痕多維度追蹤。每個實驗組有3個獨立實驗和8個重復,本文的Incucyte® 相關圖表數據超過10個,Incucyte® 可以一次監測6塊板,實驗組再多也不怕!

 

新冠病毒新受體發現[6]

 

已有研究通過CRISPR基因篩選技術發現TMEM106B是一種潛在的宿主受體,這是與大腦衰老有關的膜蛋白。比利時魯汶大學科學家使用X射線晶體學、低溫電子顯微鏡(cryo-EM)和氫氘交換質譜(HDX-MS)以及賽多利斯的Octet® 非標記分子互作系統和Incucyte® 實時活細胞分析系統等手段,從TMEM106B/S蛋白復合物結構解析角度進一步闡釋了TMEM106B與新冠病毒結合的分子機理。

 

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圖5. Incucyte® 實時成像結果

 

細胞-細胞融合試驗:ACE2或TMEM106B、S蛋白(帶綠色熒光)轉染HEK293T細胞,使其在表面表達這些蛋白,如果TMEM106B與S蛋白有結合,細胞可以融合形成更大的細胞團;左圖:細胞融合成像;右圖:每隔3個小時拍攝一次,計算>1000um2的對象的熒光面積總和,并做實時圖譜;可見,轉染ACE2或TMEM106B細胞可以融合,但是TMEM106B突變M210和F210后無法實現融合

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圖6. Octet® 數據:將TMEM106B固化在NTA傳感器上,與13.5uM的S1蛋白結合解離。TMEM106B與S蛋白有著明顯的結合,但是TMEM106B突變M210和F210位點后,就沒有結合了,證實了復合物結構解析的結論。

 

Octet® 和Incucyte® ,一個從分子水平闡述,一個從細胞水平證明,是基礎研究和藥物研發的好幫手,兩者結合1+1>2

 

總而言之,在上述研究中體現出Incucyte® 實時活細胞分析系統獨特優勢:

 

自動檢測,提升實驗效率:滿足密集時間點以及長時間監測的需求,一次實驗得到大量數據,解放人力,是從事細胞研究不可或缺的工具

 

分析簡便,提升數據質量:軟件采集及分析模塊配合熒光檢測試劑,得到高度可靠的數據。實時檢測整個細胞死亡/凋亡曲線,在細胞死亡狀況較為接近的情況下,仍然在大量數據的前提下得到確切的結論

 

6板位設計,多實驗同步開展:內設6個板位,可以分別獨立設置檢測程序,滿足6組不同實驗或多人實驗同時檢測的需求

 

配套完整的試劑和工具,可以實現各種活細胞以及腫瘤球、類器官的長時間觀察,以及趨化劃痕遷移實驗等

還是那句話,只要放好您的細胞,其他的交給Incucyte® 吧!

 

 

 

-參考文獻-

[1] Hideko Isozaki.et al.(2023).Therapy-induced APOBEC3A drives evolution of persistent cancer cells.Nature.620,393-401

[2] Yanrong Zhuang.et al.(2023).Circadian clocks are modulated by compartmentalized oscillating translation.Cell.186(15),3245-3260

[3] Natasja L. de Vriesγ.et al.(2023).δ T cells are effectors of immunotherapy in cancers with HLA class I defects.Nature.613,743-750

[4] Amina Jbara.et al.(2023).RBFOX2 modulates a metastatic signature of alternative splicing in pancreatic cancer.Nature.617,147-153

[5] Amina Jbara.et al.(2023).RBFOX2 modulates a metastatic signature of alternative splicing in pancreatic cancer.Nature.617,147-153

[6] Jim Baggen.et al.(2023).TMEM106B is a receptor mediating ACE2-independent SARS-CoV-2 cell entry.Cell.186(16),3427-3442

 

 

- 2023年使用Incucyte® 發表CNS -

Ralf Schmidt.et al.(2023).Base-editing mutagenesis maps alleles to tune human T cell functions.Nature.

免疫細胞殺傷,細胞治療

Mark Yarmarkovich.et al.(2023).Targeting of intracellular oncoproteins with peptide-centric CARs.Nature.

免疫細胞殺傷,細胞治療

Stella Victorelli.et al.(2023).Apoptotic stress causes mtDNA release during senescence and drives the SASP.Nature.622, 627-636

細胞凋亡,衰老機制

Ranjith P. Anand.et al.(2023).Design and testing of a humanized porcine donor for xenotransplantation.Nature.622, 393-401

細胞毒性,器官移植

Christina K. Baumgartner.et al.(2023).The PTPN2/PTPN1 inhibitor ABBV-CLS-484 unleashes potent anti-tumour immunity.Nature.622,850-862

細胞毒性,腫瘤藥物

Murad R. Mamedov.et al.(2023).CRISPR screens decode cancer cell pathways that trigger γδ T cell detection.Nature.621,188-195

免疫細胞殺傷,細胞治療

Yogesh Goyal.et al.(2023).Diverse clonal fates emerge upon drug treatment of homogeneous cancer cells.Nature.620,651-659

細胞增殖,腫瘤機制

Hideko Isozaki.et al.(2023).Therapy-induced APOBEC3A drives evolution of persistent cancer cells.Nature.620,393-401

細胞標記(試劑),腫瘤機制

Jiexi Li.et al.(2023).Histone demethylase KDM5D upregulation drives sex differences in colon cancer.Nature.619,632-639

細胞增殖,腫瘤機制

Nobuhiko Kayagakiet al.(2023)..Inhibiting membrane rupture with NINJ1 antibodies limits tissue injury.Nature.618,1072-1077

細胞轉染,創傷治療

Guoxun Wang.et al.(2023).Norovirus MLKL-like protein initiates cell death to induce viral egress.Nature.616,152-158

細胞凋亡,病原菌侵染機制

Amina Jbara.et al.(2023).RBFOX2 modulates a metastatic signature of alternative splicing in pancreatic cancer.Nature.617,147-153

劃痕遷移,腫瘤機制

Aidan M. Tousley.et al.(2023).Co-opting signalling molecules enables logic-gated control of CAR T cells.Nature.615,507-516

免疫細胞殺傷,細胞治療

Cristina Puig-Saus.et al.(2023).Neoantigen-targeted CD8+ T cell responses with PD-1 blockade therapy.Nature.615,697-704

免疫細胞殺傷,免疫治療

Joe Nassour.et al.(2023).Telomere-to-mitochondria signalling by ZBP1 mediates replicative crisis.Nature.614,767-773

細胞凋亡,衰老機制

Natasja L. de Vriesγ.et al.(2023).δ T cells are effectors of immunotherapy in cancers with HLA class I defects.Nature.613,743-750

免疫細胞殺傷,免疫治療

Nora Schmidt.et al.(2023).SND1 binds SARS-CoV-2 negative-sense RNA and promotes viral RNA synthesis through NSP9.Cell.186(22),4834-4850

病毒侵染,病原菌侵染機制

Franziska Blaeschke.et al.(2023).Modular pooled discovery of synthetic knockin sequences to program durable cell therapies.Cell.186(19),4216-4234

免疫細胞殺傷,細胞治療

Jim Baggen.et al.(2023).TMEM106B is a receptor mediating ACE2-independent SARS-CoV-2 cell entry.Cell.186(16),3427-3442

細胞融合實驗,病原菌侵染機制

Yanrong Zhuang.et al.(2023).Circadian clocks are modulated by compartmentalized oscillating translation.Cell.186(15),3245-3260

細胞增殖,晝夜調控機理

Balamurugan Sundaram.et al.(2023).NLRP12-PANoptosome activates PANoptosis and pathology in response to heme and PAMPs.Cell.186(13),2783-2801

細胞凋亡,焦亡機理

Christina M. Arieta.et al.(2023).The T-cell-directed vaccine BNT162b4 encoding conserved non-spike antigens protects animals from severe SARS-CoV-2 infection.Cell.186(11), 2392-2409

病毒中和實驗,疫苗

Stephen P. Burr.et al.(2023).Cell lineage-specific mitochondrial resilience during mammalian organogenesis.Cell.186(6),1212-1229

細胞增殖,器官發育

William A. Nyberg(2023).An evolved AAV variant enables efficient genetic engineering of murine T cells.Cell.186(2), 446-460

免疫細胞殺傷,基因治療

PABLO RODRÍGUEZ-SILVESTRE.et al.(2023).Perforin-2 is a pore-forming effector of endocytic escape in cross-presenting dendritic cells.SCIENCE.380(6651)

細胞增殖,免疫機制

PHONG D. NGUYEN.et al.(2023).Interplay between calcium and sarcomeres directs cardiomyocyte maturation during regeneration.SCIENCE.380(6646)

細胞增殖,心臟再生

 

 

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